Ministarstvo zaštite okoliša i zelene tranzicije donijelo je Pravilnik o zaštiti i očuvanju Parka prirode »Vransko jezero«, kojemu je cilj očuvati ekološke karakteristike međunarodno važnog vlažnog područja sukladno Ramsarskoj konvenciji.
U svrhu očuvanja prirodnih vrijednosti i potrebne razine upravljanja i načina korištenja, područje Parka prirode podijeljeno je u zonu stroge zaštite, zonu usmjerene zaštite te u nekoliko podzona kojima je cilj očuvanje vlažnih i suhih travnjaka, šumskih ekosustava, muljevitih obala, krajobraza Modrava, lokve Benča, kulturne baštine, kanala i vodotoka itd.
Zona stroge zaštite obuhvaća ekosustav Velikog tršćaka između kanala Kotarka, Banđenove drage i područja manjih tršćaka, koji je važan za razmnožavanje i očuvanje populacija ptica močvarica. U zoni zaštite nisu dopuštene nikakve intervencije u prostoru niti korištenje prirodnih dobara bilo kojeg tipa, izgradnja posjetiteljske infrastrukture niti posjećivanje ovog područja. Dopuštena su znanstvena istraživanja, inventarizacija i monitoring bioraznolikosti, krajobrazne raznolikosti i georaznolikosti pod nadzorom Ustanove. Iznimno su dopuštene intervencije u ekosustave kao što je lokalizacija požara ili uklanjanje invazivnih stranih vrsta.
U Zoni usmjerene zaštite dozvoljene su poljoprivredne, šumsko-gospodarske te lovne i ribolovne aktivnosti korištenja prirodnih dobara, koje se odvijaju u skladu s ciljevima upravljanja i očuvanja prirodnih i kulturnih vrijednosti zaštićenog područja, uz poštivanje propisanih uvjeta zaštite prirode i mjera očuvanja. Ta zona obuhvaća područje otvorene vode Vranskog jezera, obalnih područja Vranskog jezera, poljoprivrednih površina južno od lučice Crkvine uz obalu do granice Zadarske i Šibensko-kninske županije izuzev područja Drage-zapad, područje Modrava i Babinog škoja izuzev područja kanala i lučice Prosika, područje Crnogorke jugoistočno od granice Posebnog ornitološkog rezervata izuzev područja Kamenjaka i pristaništa Bašinka, područje travnjačkih i poljoprivrednih površina sjeverno i istočno od Velikog tršćaka u Posebnom ornitološkom rezervatu.
U toj zoni cilj upravljanja je očuvati i unaprijediti bioraznolikost, georaznolikost i krajobraznu raznolikost područja te prisutnu kulturnu baštinu. Dopušteno je posjećivanje uz poštivanje odgovarajućih uvjeta i uz mogućnost uspostavljanja minimalnih interpretativnih i edukativnih sadržaja te staza koje ne zahtijevaju uređivanje, osim aktivnosti u svrhu održavanja sigurnosti posjetitelja (ograda, sječa opasnih stabala uz stazu i sl.)., znanstvena istraživanja i praćenje stanja prirodnih vrijednosti.
Unutar Podzone jezera (IIA) dopušteno je kupanje, sportski ribolov, vožnja rekreativnim plovilima bez motora (barke na vesla, kajaci, kanui, daske za veslanje, manje jedrilice (klasa optimist), daskanje sa zmajem (kitesurfing), jedrenje na dasci (windsurfing) i sl.), čamcima s motorom snage do 5 KS, brodicama koje ustanova koristi za organizirano posjećivanje ili nadzor.
U Modravama su dopuštene sve aktivnosti vlasnika na očuvanju i restauraciji suhozida i u suhozidnoj tehnici građenih objekata u tradicionalnom stilu, bez korištenja vezivnog materijala. Dozvoljeno je uklanjanje makije i dračika, revitalizacija maslinika te drugih tradicionalnih trajnih nasada i kultura unutar suhozidom ograđenih parcela. Vlasnici mogu pružati usluge kušanja i kupovine proizvoda na njihovim poljoprivrednim gospodarstvima.
Na području Parka prirode nije dopušten lov sljedećih ptica koje se nalaze na popisu divljači sukladno Zakonu o lovstvu: divlje patke gluhara, glavata, krunasta, pupčanica, kržulja, divlje guske lisasta i glogovnjača, šljuka kokošica i liska crna. Lovački psi smiju se slobodno kretati na području Parka prirode isključivo u lovištima za vrijeme organiziranog lova, a lovci ne smije koristiti sačmu. Zabranjena je izgradnja i uspostava farmi za uzgoj divljih životinja kao i unos alohtonih vrsta divljači.
Zaštićene riblje vrste su jegulja, riječna babica, glavočić vodenjak i masnica. Prilikom slučajnog ulova niti jedan primjerak navedenih vrsta riba ne smije se zadržati, već se neozlijeđen mora vratiti u vodu iz koje je ulovljen. Štetne alohtone vrste (šaran, som, štuka, linjak), invazivne strane vrste riba (babuška, gambuzija, sunčanica, bezribica) i druge eventualno novootkrivene invazivne strane vrste, dopušteno je loviti neograničeno te je zabranjeno vraćanje ulovljenih primjeraka u jezero.
